Mnísi žobravej rehole tzv. Menších bratov, známi skôr pod menom františkáni, prišli do Nitry už v 13. storočí a v rokoch 1624 až 1634 si v Hornom meste postavili kláštor s kostolom. Chrám zasvätený sv. Petrovi a Pavlovi je jednoloďový s predsunutou vežou a tromi kaplnkami. V 18. storočí ho barokovo upravili. Ozdobou jeho interiéru je 33 reliéfnych plastík z dubového dreva tvoriacich ucelený cyklus legendárnych výjavov zo života svätého Františka Xaverského - zakladateľa rádu. Ústredný oltárny obraz z roku 1935 znázorňuje patrónov kostola. Vzácny kamenný reliéf so scénou apoštolov Petra a Pavla zo 16. storočia sekundárne zamurovali do vonkajšej fasády kostola. Druhý reliéf znázorňujúci Zmŕtvychvstanie Krista tiež zo 16. storočia umiestnený nad portálom kaplnky na západnej strane sem preniesli zo zoborského kláštora. Kláštor s kostolom je spojený krížovou chodbou.