Múzeum v zriaďovateľskej pôsobnosti Bratislavského samosprávneho kraja má svoje expozície v troch mestách malokarpatského regiónu. V rokoch 2006 – 2007 prešlo múzeum veľkou rekonštrukciou celého objektu a od 18. novembra 2008 je opäť sprístupnené pre verejnosť.
Malokarpatské múzeum v Pezinku ponúka návštevníkom najmä svoju pivničnú expozíciu. V nej prezentuje dejiny vinohradníctva a vinárstva Malokarpatskej oblasti. Múzeum vystavuje jednu z najvýznamnejších stredoeurópskych zbierok vinohradníckych lisov z obdobia od začiatku 17. do polovice 20. storočia, ďalšie vinohradnícke a vinárske nástroje, sudy a pod. Expozícia využíva multimediálne prostriedky, ako aj ďalšie interaktívne prvky s cieľom zaktivizovať počas prehliadky všetky zmysly návštevníka, vrátane tzv. arómabaru (poznávanie vône vín), zátkovania vínových fliaš či možnosť degustácie malokarpatských vín s malým občerstvením a odborným výkladom someliéra.
Múzeum organizuje pravidelnú výstavnú činnosť priamo v sídle múzea ale aj v zahraničí, vykonáva výskum, vzdelávacie a pedagogické aktivity. Súčasne sa podieľa na viacerých projektoch a podujatiach prebiehajúcich v meste Pezinok a v celom malokarpatskom regióne. V správe múzea je Rodný dom Jána Kupeckého (1664 – 1740) – barokového maliara v Pezinku na Kupeckého ul. 39 a Múzeum Ferdiša Kostku (1878 – 1951), v jeho zachovanom rodnom dome s brennhausom a ojedinelou starobylou pecou, v Stupave na ul. F. Kostku 26. Obe vysunuté expozície múzea teraz čakajú na rekonštrukciu.
Malokarpatské múzeum v Pezinku je aj organizátorom viacerých podujatí ako napr. Sviatku sv. Urbana – patróna vinohradníkov, Keramických trhov a spolu s občianskym združením Museum Vinorum usporadúva Pezinské vínne pivnice – degustáciu najlepších miestnych vína v autentických pivniciach v centre Pezinka.
V zbierkovom fonde múzea je približne 55 tisíc kusov zbierkových predmetov, prevažne z oblasti vinohradníctva a vinárstva, ďalej z histórie, národopisu a dejín umenia. Významnú časť dokumentov tvoria doklady o dejinách Pezinku. V správe múzea je aj mimoriadne cenný fond fajansových figurálnych plastík majstra Ferdiša Kostku, v ktorých realisticky zobrazoval rázovité postavy z ľudového prostredia, typy ľudí a výjavy z ich života a práce. Keramikár F. Kostka, prvý nositeľ titulu národný umelec, bol potomkom starej stupavskej džbánkarskej rodiny. V jeho tvorbe sa spájali staré habánsko-slovenské prvky s umeleckou tradíciou miestnej stupavskej dielne.