Pôsobí ako nezisková organizácia, ktorá reflektuje hlavne nosné témy v umení dvadsiateho storočia a aktuálne trendy v modernom umení. Slovenské, ako aj zahraničné umelecké diela sú prezentované v dvoch výstavných priestoroch: Kopplovej vile a Synagóge - Centre súčasného umenia. V roku 2007 boli v novom krídle Kopplovej vily otvorené dve nové stále expozície: Klenoty domova (klasické slovenské výtvarné umenie 20. storočia) a Ján Koniarek – zakladateľ moderného slovenského sochárstva.
Atypické architektonické a výstavné riešenie oboch expozícií (farebné pozadia, texty, priestorové členenie a osvetlenie) vytvárajú zaujímavý podklad pre nové vnímanie a čítanie vývoja slovenského umenia na vybranom profile diel. Expozície takéhoto zamerania tak vytvoria novú muzeálnu platformu a prirodzenú protiváhu galerijnej výstavnej stratégií, ktorá sa programovo sústreďuje na prezentáciu súčasnej vizuálnej kultúry. Týmto galéria sleduje posilnenie svojho imidžu zbierkotvornej a pamäťovej inštitúcie a približuje sa čo najširšiemu spektru návštevníkov.
Cieľom galérie je metodickou zbierkovou činnosťou systematizovať a približovať umelecké diela širokého zamerania odbornej i laickej verejnosti, ako aj pôsobiť v úlohe výskumnej a publikačnej inštitúcie. Súčasťou galérie je knižnica s odbornou literatúrou, rovnako ponúka i rozsiahle lektorské programy.
Galéria pôsobí ako hlavný organizátor medzinárodnej umeleckej súťaže Trienále plagátu Trnava a najnovšie aj Skúter - bienále mladého slovenského umenia. Galéria Jána Koniarka je taktiež jedna zo zakladateľských organizácií medzinárodnej siete inštitúcií zameraných na prezentáciu súčasného umenia Art Centres of Europe.